Siswi SPIDI juga dibekali keterampilan memimpin (leadersip skill) dengan beberapa club extracurricular dan organisasi di SPIDI seperti BESt (Badan Eksekutif Santri). LDK (Latihan Dasar Kepemimpinan), Leadership Camp, dan program lain juga disediakan untuk mendorong tumbuhnya leadership skills.